Ciao Sara,
forse il "problema" è più inerente il mondo java che dotnet, e qui non so quanti "esperti java" ci siano per poterti aiutare 
Io (per quanto poco ne sappia) credo che una strada possibile sia l'utilizzo di Axis (http://ws.apache.org/axis). Qualche info sull'interoperabilità tra i due mondi con Axis la puoi trovare qui mentre, per un esempio pratico di utilizzo, questo articolo su CodeProject potrebbe essere d'aiuto..
Spero (cosciente della mia ignoranza in materia) di essere comunque stato d'aiuto 
Ciao, e mi raccomando.. d'ora in poi poco Java e molto .NET 